Jung, Jaewoon: шукати на сайті Z-Library

Jung, Jaewoon, Kobayashi, Chigusa, Imamura, Toshiyuki, Sugita, Yuji

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 44 KB

english, 2014

Parallel implementation of 3D FFT with volumetric decomposition schemes for efficient molecular dynamics simulations

Журнал:

Computer Physics Communications

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 827 KB

english, 2016

GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms

Kobayashi, Chigusa, Jung, Jaewoon, Matsunaga, Yasuhiro, Mori, Takaharu, Ando, Tadashi, Tamura, Koichi, Kamiya, Motoshi, Sugita, Yuji

Журнал:

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.27 MB

english, 2017

A singularity-free torsion angle potential for coarse-grained molecular dynamics simulations

Tan, Cheng, Jung, Jaewoon, Kobayashi, Chigusa, Sugita, Yuji

Журнал:

Рік:

2020

Файл:

PDF, 2.75 MB

2020

Geometrically associative yet electronically dissociative character in the transition state of enzymatic reversible phosphorylation

Suyong Re, Takashi Imai, Jaewoon Jung, Seiichiro Ten-No, Yuji Sugita

Журнал:

Jaewoon Jung, Jooyoung Lee, Hie-Tae Moon

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.79 MB

english, 2011

A two-dimensional energy surface of the phosphoryl transfer reaction catalyzed by phosphoserine phosphatase

Suyong Re, Jaewoon Jung, Seiichiro Ten-no, Yuji Sugita

Журнал:

Chemical Physics Letters

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 798 KB

english, 2009

Topological determinants of protein unfolding rates

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2005

Мова:

english

Файл:

PDF, 320 KB

english, 2005

Topological Quantities Determining the

Jaewoon Jung, Alan J. Buglass, Eok-Kyun Lee

Журнал:

Journal of Solution Chemistry

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 382 KB

english, 2010

Simple avoidance of Pauli repulsion errors in the generalized hybrid orbital (GHO) method

Jaewoon Jung, Seiichiro Ten-no

Журнал:

Chemical Physics Letters

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 279 KB

english, 2010

A QM/MM-MD study on protein electronic properties: Circular dichroism spectra of oxytocin and insulin

Yuya Kitagawa, Yoshinobu Akinaga, Yukio Kawashima, Jaewoon Jung, Seiichiro Ten-no

Журнал:

Chemical Physics

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.12 MB

english, 2012

Assessment of free energy expressions in RISM integral equation theory: theoretical prediction of partition coefficients revisited

Ten-no, Seiichiro, Jung, Jaewoon, Chuman, Hiroshi, Kawashima, Yukio

Журнал:

Molecular Physics

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 280 KB

english, 2010

QM/MM calculation of protein magnetic shielding tensors with generalized hybrid-orbital method: A GIAO approach

Akinaga, Yoshinobu, Jung, Jaewoon, Ten-no, Seiichiro

Журнал:

Physical Chemistry Chemical Physics

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.91 MB

english, 2011

Midpoint cell method for hybrid (MPI+OpenMP) parallelization of molecular dynamics simulations

Jung, Jaewoon, Mori, Takaharu, Sugita, Yuji

Журнал:

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.03 MB

english, 2014

Factors affecting algal blooms in a man-made lake and prediction using an artificial neural network

Cho, Sohyun, Lim, Byungjin, Jung, Jaewoon, Kim, Sangdon, Chae, Hyunmi, Park, Jonghwan, Park, Seoksoon, Park, Jae K.

Журнал:

Measurement

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.62 MB

english, 2014

Improved Constrained Optimization Method for Reaction-Path Determination in Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Calculations

Jung, Jaewoon, Re, Suyong, Sugita, Yuji, Ten-no, Seiichiro

Журнал:

Mori, Takaharu, Jung, Jaewoon, Sugita, Yuji

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 34 KB

english, 2013

Surface-Tension Replica-Exchange Molecular Dynamics Method for Enhanced Sampling of Biological Membrane Systems

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 4.95 MB

english, 2013

A combined quantum mechanical and molecular mechanical method using modified generalized hybrid orbitals: implementation for electronic excited states

Kawashima, Yukio, Nakano, Haruyuki, Jung, Jaewoon, Ten-no, Seiichiro

Журнал:

Physical Chemistry Chemical Physics

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.64 MB

english, 2011

Efficient lookup table using a linear function of inverse distance squared

Jung, Jaewoon, Mori, Takaharu, Sugita, Yuji

Журнал:

Jung, Jaewoon, Choi, Cheol Ho, Sugita, Yuji, Ten-no, Seiichiro

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 840 KB

english, 2013

New implementation of a combined quantum mechanical and molecular mechanical method using modified generalized hybrid orbitals

Журнал:

Рік:

2007

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.22 MB

english, 2007

Mo̸ller–Plesset perturbation theory gradient in the generalized hybrid orbital quantum mechanical and molecular mechanical method

Jung, Jaewoon, Sugita, Yuji, Ten-no, S.

Журнал:

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 314 KB

english, 2010

Improved constrained optimization method for reaction-path determination in the generalized hybrid orbital quantum mechanical∕molecular mechanical calculations

Jung, Jaewoon, Re, Suyong, Sugita, Yuji, Ten-no, Seiichiro

Журнал:

Matsunaga, Yasuhiro, Komuro, Yasuaki, Kobayashi, Chigusa, Jung, Jaewoon, Mori, Takaharu, Sugita, Yuji

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.85 MB

english, 2013

Dimensionality of Collective Variables for Describing Conformational Changes of a Multi-Domain Protein

Журнал:

The Journal of Physical Chemistry Letters

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.21 MB

english, 2016

Modified Technique for Endoscopic Endonasal Reduction of Medial Orbital Wall Fracture Using a Resorbable Panel

We, Jaewoon, Kim, Youngho, Jung, Taeyoung, Bae, Kibeom, Cho, Joonghwan, Kwon, Jaehwan

Журнал:

Ophthalmic Plastic & Reconstructive Surgery

Рік:

2009

Мова:

english

Файл:

PDF, 632 KB

english, 2009

GENESIS: a hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations

Jung, Jaewoon, Mori, Takaharu, Kobayashi, Chigusa, Matsunaga, Yasuhiro, Yoda, Takao, Feig, Michael, Sugita, Yuji

Журнал:

Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 860 KB

english, 2015

GPU acceleration and parallelization of GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations

Jung, Jaewoon, Naruse, Akira, Kobayashi, Chigusa, Sugita, Yuji

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.06 MB

english, 2016

Multiple program/multiple data molecular dynamics method with multiple time step integrator for large biological systems

Jung, Jaewoon, Sugita, Yuji

Журнал:

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.14 MB

english, 2016

Dynamics and Interactions of Proteins and Metabolites in Cellular Crowding Environments: All-Atom Molecular Dynamics Study of Proteins and Metabolites in Cellular Crowding Environments: All-atom Molecular Dynamics Study

Yu, Isseki, Mori, Takaharu, Ando, Tadashi, Harada, Ryuhei, Jung, Jaewoon, Sugita, Yuji, Feig, Michael

Журнал:

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 46 KB

english, 2018

3C1148 New implementation of the reaction path determination in the QM/MM method(3C Protein: Funcrion 2,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Jung, Jaewoon, Re, Suyong, Sugita, Yuji, Ten-no, Seiichiro

Журнал:

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 260 KB

english, 2011

1P058 All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Bacterial Cytoplasm(01C. Protein:Property,Poster)

Yu, Isseki, Mori, Takaharu, Jung, Jaewoon, Harada, Ryuhei, Sugita, Yuji, Feig, Michael

Журнал:

Mori, Takaharu, Jung, Jaewoon, Sugita, Yuji

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 693 KB

english, 2013

3P210 Acceleration of lipid lateral diffusion by generalized-ensemble molecular dynamics simulation(13B. Biological & Artifical membrane: Dynamics,Poster)

Журнал:

Jung, Jaewoon, Mori, Takaharu, Sugita, Yuji

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 693 KB

english, 2013

2P072 Efficient Lookup Table using a Linear Function of Inverse Distance Squared(01D. Protein: Function,Poster)

Журнал:

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 693 KB

english, 2013

3P058 Dynamics and Interactions of Macromolecules in the Bacterial Cytoplasm : All-atom Molecular Dynamics Study(01C. Protein: Property,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

Yu, Isseki, Ando, Tadashi, Mori, Takaharu, Jung, Jaewoon, Harada, Ryuhei, Sugita, Yuji, Feig, Michael

Журнал:

Jung, Jaewoon, Kobayashi, Chigusa, Sugita, Yuji

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.01 MB

english, 2014

Kinetic energy definition in velocity Verlet integration for accurate pressure evaluation

Журнал:

Jung, Jaewoon, Kobayashi, Chigusa, Sugita, Yuji

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.31 MB

english, 2018

Acceleration of cryo-EM Flexible Fitting for Large Biomolecular Systems by Efficient Space Partitioning

Mori, Takaharu, Kulik, Marta, Miyashita, Osamu, Jung, Jaewoon, Tama, Florence, Sugita, Yuji

Журнал:

Structure

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 5.92 MB

english, 2018

Optimal temperature evaluation in molecular dynamics simulations with a large time step

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.57 MB

english, 2018

Scaling molecular dynamics beyond 100,000 processor cores for large‐scale biophysical simulations

Jung, Jaewoon, Nishima, Wataru, Daniels, Marcus, Bascom, Gavin, Kobayashi, Chigusa, Adedoyin, Adetokunbo, Wall, Michael, Lappala, Anna, Phillips, Dominic, Fischer, William, Tung, Chang‐Shung, Schlick,

Журнал:

Kobayashi, Chigusa, Matsunaga, Yasuhiro, Jung, Jaewoon, Sugita, Yuji

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.12 MB

english, 2019

Conformational Fluctuations and Changes of Sr-Ca2+-ATPase on the E1/E2 Transition

Журнал:

Kobayashi, Chigusa, Matsunaga, Yasuhiro, Jung, Jaewoon, Sugita, Yuji

Рік:

2019

Мова:

english

Файл:

PDF, 45 KB

english, 2019

Molecular Dynamics Simulations for Conformational Changes on a Reaction Step of SR-Ca2+-ATPase

Журнал:

Рік:

2018

Файл:

PDF, 47 KB

2018

New parallel computing algorithm of molecular dynamics for extremely huge scale biological systems

Jung, Jaewoon, Kobayashi, Chigusa, Kasahara, Kento, Tan, Cheng, Kuroda, Akiyoshi, Minami, Kazuo, Ishiduki, Shigeru, Nishiki, Tatsuo, Inoue, Hikaru, Ishikawa, Yutaka, Feig, Michael, Sugita, Yuji

Журнал: